在网站设计中，遇到网站结构不清晰的问题时，可以采取以下措施来解决：

重新规划导航：重新设计清晰、直观的导航菜单，确保用户能够迅速找到所需信息。将主要内容放在显眼位置，并使用层次分明的下拉菜单或侧边栏。

明确内容分类：对网站内容进行明确的分类和标签化，使用户能够快速定位到感兴趣的部分。同时，确保每个页面都有清晰的标题和描述。

简化页面设计：避免页面过于复杂或拥挤，使用简洁的布局和清晰的字体大小。减少不必要的元素和广告，让用户能够专注于核心内容。

增加搜索功能：在网站上添加搜索功能，让用户能够直接搜索关键词找到所需信息。这可以大大提高用户的使用效率和满意度。

进行用户测试：邀请不同背景和需求的用户进行网站测试，收集他们的反馈和建议。根据测试结果对网站结构进行调整和优化。

持续优化：网站结构不是一成不变的，需要随着用户需求和业务变化进行持续优化。定期评估网站性能，并根据评估结果进行相应调整。

通过以上措施的实施，可以逐步解决网站结构不清晰的问题，提高网站的用户体验和转化率。同时，还需要注意保持与用户的沟通和反馈，以便及时发现并解决问题。